Homeopatická filosofie je založena na diametrálně odlišném principu, než jaký používá konvenční medicína. Prof. George Vithoulkas, nejznámější homeopat současné doby, takto popisuje rozdíl mezi těmito dvěma metody léčby: „Současná medicína usiluje o zabití nebo vyhlazení původců nemocí a používá k tomu silné chemické léky se všemi jejích dobře známými vedlejšími účinky a těmi méně známými, ne tolik zřejmými, negativními následky. Homeopatie se naproti tomu snaží posílit imunitní systém, který pak v novém, „bystřejším" a silnějším stavu dokáže přemoci vetřelce nebo jakoukoliv akutní či chronickou poruchu vlastními silami.

Konvenční medicína je pohodlný „hromadný" způsob léčby, zatímco homeopatie pohlíží na pacienty jako na individuality a používá také individuální léčebný postup, schopný zvrátit degenerativní průběh nemoci".

Ve své knize "Homeopatická věda" Prof. Vithoulkas píše, že „nestačí uvést myšlenku do světa a potom pasivně čekat, až ji společnost přijme. Nové myšlenky vždy výzvou pro konvenční pohled a tradiční struktury. Z tohoto důvodu jsou přijímány velmi pomalu a s velikými obtížemi. Přesto, je-li myšlenka založená na fundamentální pravdě, bude navzdory všem překážkám nakonec přijata. Proto pevně věřím, a potvrzuje to i má zkušenost, že homeopatie může nemocnému lidstvu efektivně pomoci a že může být neocenitelným pomocníkem rychlé duchovní evoluce lidstva".